O arquipélago faz parte da Reserva Natural das Berlengas, área protegida criada em 1981 para proteção dos valores naturais do arquipélago e da área marinha circundante, permitindo o desenvolvimento sustentado das atividades económicas.

A geologia dos vários ilhéus não é toda igual, sendo possível dividi-los em 2 grupos distintos: um constituído pela ilha da Berlenga, ilhéus circundantes e as Estelas, caracterizado por granito rosa, rocha ígnea, e outro pelo grupo dos Farilhões-Forcadas, constituído por rochas metamórficas.

A beleza natural da ilha da Berlenga vista a partir do mar é única, e em particular em torno da ilha da Berlenga há formações de aspeto cénico bastante apelativo, como a gruta do Furado Grande, a cova do Sono, o arco da Tromba do Elefante, o vale da Quebrada, o Carreiro dos Cações ou a falésia Maldita.

As Berlengas albergam as únicas colónias de aves marinhas pelágicas ao largo de Portugal continental e ali se reproduzem cinco espécies de aves marinhas: cagarra, roque-de-castro, galheta, gaivota-de-patas-amarelas e gaivota-d'asa-escura.

Três espécies de plantas ocorrem exclusivamente neste arquipélago: Arméria-das--berlengas, Pulicária-das-berlengas e Herniária-das-berlengas.

Também o meio marinho circundante alberga um ecossistema subaquático extremamente rico, onde se podem encontrar numerosas espécies de peixes, mas também de invertebrados de formas e cores diversas, proporcionando aos visitantes uns mergulhos repletos biodiversidade e abundância.